日本温泉的水会更换，但并非所有温泉旅馆都严格按规定更换。具体情况如下：
部分温泉旅馆存在不按规定更换温泉水的情况一些温泉旅馆未遵循规定频率更换温泉水。例如，有百年历史的温泉旅馆原本应一周更换一次温泉水，实际却相隔半年才更换；还有老字号温泉旅馆的大浴池按规定循环式浴池起码每周应更换一次并注重消毒，但实际一年仅换两次水且未注重消毒措施。
不按时更换温泉水会导致严重后果
细菌严重超标：不按时更换温泉水会使水中细菌严重超标。如上述温泉旅馆中，细菌含量达到很高倍数，其中军团菌含量达到3700倍。
引发疾病：超标的细菌容易引发疾病，军团菌会导致军团疾病，这是一种常见的急性呼吸道传染性疾病。主要症状有寒战、头痛、肌肉疼痛倦怠、发热等，情况严重时可能因呼吸系统感染而死亡。
不按时更换温泉水会受到相应处理并影响行业
停业整顿：出现不按时更换温泉水情况的旅馆会进入停业整顿阶段，如上述提到的一家温泉旅馆。
政府研究处罚措施：政府会针对此类情况研究如何进行处罚。
引发行业危机感：此类事件会导致日本温泉业界产生明显的危机感。日本作为温泉大国，吸引了很多外国游客，若不改善这种情况，后期到日本洗温泉的人可能会减少，还容易在引发疾病后造成不必要的隐患。
日本对温泉水更换有相关规定日本规定循环式的浴池最起码每个星期都应该更换一次温泉水，并且还需要注重消毒。但部分温泉旅馆并未遵守这些规定。
