《倾世皇妃》里马馥雅怀的孩子是祈佑的。以下是关于这一结论的详细解释：
剧情设定：在剧中，马馥雅作为楚国公主，后来成为蜀国帝王孟祈佑的皇妃。两人之间虽然历经波折，但情感深厚。太医在给马馥雅把脉后，确认她怀孕，并告知了皇上（即祈佑）。尽管皇上和馥雅当时并没有夫妻之实，但孩子确实是祈佑的。
马湘云的阴谋：马湘云为了让祈佑对馥雅的贞洁产生怀疑，收买了太医，让他故意说馥雅害喜。然而，这一阴谋并未得逞，因为祈佑和馥雅最终都知道了真相。
连曦的确认：连曦也来给馥雅把脉，确认了她怀的是喜脉。这一确认让连城一时难以接受，但也进一步证实了孩子是祈佑的。
后续剧情发展：尽管马馥雅在怀孕期间历经磨难，包括被陷害、失去孩子等，但她始终坚信孩子是祈佑的。最终，她也回到了祈佑的身边安心养胎（尽管孩子最终未能保住）。
综上所述，《倾世皇妃》里马馥雅怀的孩子确实是祈佑的。这一结论基于剧情设定、角色行为以及后续发展等多个方面的证据。
