《倾世皇妃》中马馥雅的孩子是孟祈佑的。具体分析如下：
角色关系定位：马馥雅是楚国公主，后成为蜀国太子孟祈佑的皇妃，这一身份直接表明两人存在婚姻关系，为孕育子女提供了基础条件。从角色设定看，孟祈佑作为男主角，与女主角马馥雅的感情线贯穿全剧，孩子作为两人情感发展的关键纽带，符合剧情逻辑。
剧情核心脉络：该剧以五代十国为背景，围绕马馥雅与孟祈佑、北汉皇帝刘连城的爱恨纠葛展开。马馥雅与孟祈佑历经坎坷终成眷属，这一过程包含共同面对国家危机、家族纷争等情节，孩子作为两人爱情的结晶，既是对他们感情的升华，也是推动剧情发展的重要元素。若孩子与刘连城有关，则与主线剧情中马馥雅最终选择孟祈佑的设定矛盾，且会削弱孟祈佑作为男主角的核心地位。
角色命运关联：孟祈佑虽具备帝王之才，却因父亲妻妾成群导致家族内乱，最终无缘江山，孤寂一生。马馥雅作为唯一与他心有灵犀的伴侣，其孩子的存在成为孟祈佑坎坷人生中为数不多的温暖寄托，强化了两人“有情人终成眷属”的结局。若孩子归属其他角色，将破坏这种命运交织的紧密感，使角色塑造失去完整性。
原著与改编逻辑：该剧改编自慕容湮儿的同名小说，在权谋与古装争斗的框架下，马馥雅与孟祈佑的感情线是核心叙事动力。孩子作为两人关系的延续，既符合原著设定，也通过影视化改编进一步突出了“倾世之恋”的主题。若强行改变孩子血缘，需重构大量剧情，与现有故事逻辑冲突。
综上，无论是从角色关系、剧情发展、命运关联还是原著改编逻辑来看，马馥雅的孩子均属于孟祈佑。这一设定既符合人物塑造需求，也保障了故事结构的完整性。
