国税局和地税局主要在性质和征收税种方面存在区别，具体如下：
国税局：是国家税务系统，与“地税”对称，是分税制的产物，又称中央税。由国家税务局系统征收，是中央政府收入的固定来源，归中央所有。国家税务总局为国务院主管税收工作的直属机构（正部级）。
地税局：简称地税，性质是行政单位，实行中央、省、市、县的垂直领导体制。1994年税制改革时，省以下原来的税务局分设为国税局和地税局（个别地方地税局与财政局合署办公，称财税局）。省级地税局受省级人民政府和国家税务总局双重领导，省级以下地税局系统由省级地税机关垂直领导。
国税局负责征收的税种
增值税。
消费税。
进口产品增值税、消费税、直接对台贸易调节税（委托海关代征）。
铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税和城市维护建设税。
出口产品退税。
中央企业所得税；中央与地方所属企、事业单位组成的联营企业、股份制企业所得税；2002年1月1日以后新办理工商登记、领取许可证的企业、事业单位、社会团体等组织缴纳的企业所得税。
地方和外资银行及非银行金融企业所得税。
证券交易税（未开征前先征收在证券交易所交易的印花税）。
境内的外商投资企业和外国企业缴纳的增值税、消费税、外商投资企业和外国企业所得税。
个体工商户和集贸市场缴纳的增值税、消费税。
储蓄存款利息所得个人所得税。
车辆购置税。
燃油税（暂未开征）。
中央税、共享税的滞、补、罚收入。
国家税务总局明确由国家税务局负责征收的其他有关税费。
地税局负责征收的税种
营业税管理处负责营业税、资源税、城市维护建设税、教育费附加和文化事业建设费的征收管理工作。
地方税管理处负责车船使用税、印花税、车船使用牌照税、契税、城镇土地使用税、房产税、城市房地产税、土地增值税、耕地占用税、外商投资企业土地使用费的征收管理工作。
残保金管理处负责制定残疾人就业保障金代征工作的有关制度、管理办法和措施；负责组织和协调残疾人就业保障金代征的相关工作。
企业所得税管理处负责企业所得税的征收管理工作；负责综合税政协调工作；负责协调税政综合工作。
个人所得税管理处负责个人所得税的税收和征收管理工作。
不包括已明确由国家税务机关负责征收的地方税部分，主要有：营业税、企业所得税、个人所得税、土地增值税、城镇土地使用税、城市维护建设税、房产税、城市房地产税、车船使用税、车辆使用牌照税、屠宰税、资源税、固定资产投资方向调节税、印花税、农业税、农业特产税、契税、耕地占用税、筵席税，城市集体服务事业费、文化事业建设费、教育费附加以及地方税的滞补罚收入和外商投资企业土地使用费 。
