少年方世玉有不同版本的结局，包括民间传说/历史结局和影视改编结局。
民间传说/历史结局（通用版本）：方世玉因比武打死雷老虎，从而得罪了武当派与朝廷。后来在少林与武当的争斗中，他与五枚师太进行对决。五枚师太佯装晕倒，趁方世玉上前时，踢中其罩门（肛门），致使方世玉当场死亡，年仅24岁，此结局带有悲剧色彩。
影视改编结局（以《少年英雄方世玉》为例）：在剧情主线上，方世玉采用假死的策略破了白眉道长的混元童子功，最终成功击杀白眉，同时胡惠乾手刃冯道德，使得反派势力溃散。情感方面，方世玉与凌小小历经诸多波折后“有情人终成眷属”，不过过程中方世玉因武功反噬而短暂失忆，最后恢复记忆与爱人团聚。从角色成长来看，方世玉从原本的顽劣少年逐渐蜕变为武林英雄，他与洪熙官、胡惠乾等联手守护少林，成功化解了江湖危机，该结局较为圆满，多为戏剧化改编。
