公积金二套房贷款政策允许购买第二套商品住宅房时申请公积金贷款，但停止向购买第三套及以上住房的缴存职工发放公积金贷款，且公积金中心“只认房不认贷”，同时支持组合贷款并规定了抵押与质押担保方式。具体如下：
购买第二套商品住宅房的缴存职工可以继续申请使用公积金贷款。不过，若购买第三套及以上住房，公积金中心将停止向缴存职工发放公积金贷款。这一规定旨在合理控制住房贷款规模，优先满足职工购买首套和二套住房的合理需求。
与商业银行“认房也认贷”不同，公积金中心“只认房不认贷”。即公积金中心只认定申请人目前名下的房产情况，不计算其拥有房产和按揭贷款的历史记录。例如，职工之前按揭购买了一套商品住房（住宅类），之后又将其出售，现在准备新购一套商品住房（住宅类），申请公积金贷款时仍算第一套。这种认定方式为一些曾经有过购房贷款记录但目前名下无房的职工提供了更宽松的贷款条件，有助于他们改善住房条件。
当职工的公积金贷款可贷额度不足以支付购买住房所需资金时，职工可以向受托银行申请商业住房贷款。此时，受托银行会以公积金贷款和商业住房贷款的组合形式向职工发放贷款。这种组合贷款方式既发挥了公积金贷款利率低的优势，又借助商业贷款弥补了公积金贷款额度的不足，满足了职工多样化的购房资金需求。
若公积金贷款采用抵押担保方式，借款人（申请公积金贷款的职工）应以所购买的住房作为抵押物。借款人需要和受托银行签订抵押合同，并按照本市房地产权登记规定办理抵押登记手续。通过抵押担保，银行在借款人无法按时偿还贷款时，有权依法处置抵押物以保障自身权益，同时也为公积金贷款提供了风险保障。
当公积金贷款采用质押担保方式时，借款人或第三人应当提供公积金中心和受托银行认可的凭证式国债、受托银行本行本币定期存单，以及其他依法可质押的权利凭证进行担保。借款人同样需要和受托银行签订质押合同，并在合同约定的期限内办理权利凭证移交等手续。质押担保为公积金贷款提供了另一种风险防控手段，确保在借款人违约时，银行能够通过处置质押物收回贷款本息。
