中国报关协会的指导机构是海关总署。
中华人民共和国海关总署简称“海关总署”，是国务院直属机构，为正部级。海关总署贯彻落实党中央关于海关工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对海关工作的集中统一领导。
负责全国海关工作、组织推动口岸“大通关”建设、海关监管工作、进出口关税及其他税费征收管理、出入境卫生检疫和出入境动植物及其产品检验检疫、进出口商品法定检验、海关风险管理、国家进出口货物贸易等海关统计。
全国打击走私综合治理工作、制定并组织实施海关科技发展规划以及实验室建设和技术保障规划、海关领域国际合作与交流、垂直管理全国海关、完成党中央国务院交办的其他任务，中央纪委国家监委在海关总署派驻纪检监察组。
机构职责
负责全国海关工作，拟订海关（含出入境检验检疫，下同）工作政策，起草相关法律法规草案，制定海关规划、部门规章、相关技术规范。
负责组织推动口岸“大通关”建设，会同有关部门制定口岸管理规章制度，组织拟订口岸发展规划并协调实施，牵头拟订口岸安全联合防控工作制度，协调开展口岸相关情报收集、风险分析研判和处置工作，协调口岸通关中各部门的工作关系，指导和协调地方政府口岸工作。
负责海关监管工作，制定进出境运输工具、货物和物品的监管制度并组织实施，按规定承担技术性贸易措施相关工作，依法执行进出口贸易管理政策，负责知识产权海关保护工作，负责海关标志标识管理。
