十一月初九夜晚，莆田大地震突发，震动自南向北，连及树木，导致树木摇曳作响，栖鸦惊飞。城中多处城墙崩溃，大厦几乎倾覆，乡村房屋损失惨重，不幸有人受伤。洋尾厝地、下柯地、港利田等地地表出现裂缝，冒出黑沙，散发硫磺味，池水因裂缝而干涸。初十夜晚，地震继续。当地流传的说法是连续地震十夜不止。
紧接着，晋江（泉州府）在十一月初八日发生地震，初九夜晚强烈地震自东北向西南扩散，整夜震动十多次，山石、海水皆受到影响，地表多处断裂，郡城受影响尤其严重。开元东镇国塔第一层尖石坠落，第二、三层扶栏随之破碎。城内外房屋多有倒塌，船只翻覆。开元寺位于肃清门外，两塔中东塔名为镇国，塔身宽大，震后东塔顶盖石角折损，部分榱石受损严重，需更换一百二十余块。
安海镇自初二地震后，初九夜戊时大地震声如雷鸣，震动强烈，居民仿佛置身急滩舟中或狂风中的树梢，人心惶惶。泉城开元塔石块掉落，清源山及南安地表裂开，沙水涌出，硫磺味弥漫。地震带来的地裂沙涌现象罕见，持续了半年才逐渐平息。
南安、惠安、安溪、德化、同安等地也相继遭受大地震，房屋、城墙、窝铺、敌楼等建筑遭受严重损坏。漳州市府、海澄、长泰、平和、漳浦等地连续多日地震，有的声响如雷，有的震后数刻才停止，持续时间各不相同。
铜山岛、南平、沙县、将乐等地也在戊时发生地震，房屋受损，地表出现裂痕或下陷。汀州府、归化、连城、武平、福宁州和宁德等地也遭受了地震的冲击。同时，江西省上饶、弋阳、泸溪等地以及浙江省上虞、建德等地也感受到了地震的威力。
莆田南日岛外海地震发生于1604年12月29日（明万历三十二年），震级8.0级，震中位于福建省南部的南日岛海外（119.5E,25.0N 莆田乌丘海域），受其影响，莆田和泉州为最。莆田乡间房屋倾倒无数，池水因地裂而涸，泉州城内外庐舍倾倒，山石海水皆动，复舟甚多。同安地有开裂丈许者，流水溢出。漳浦田中陷穴数丈，涌沙泥水。安溪山崩裂。这次地震波及浙江省、江西省、江苏省、广东省许多县、市，甚至广西桂林、安徽铜陵、湖南陵零、上海等地。这是福建省第一个大地震，也是中国东南部迄今为止唯一的 8 级大地震。。
