如果支票存根丢失，可以采取以下措施：
1. 立即报告丢失情况： 写一份支票存联丢失的报告，详细阐述丢失的情况。
2. 注明关键信息： 在报告中明确注明丢失的支票号以及该支票的用途，确保信息的准确性。
3. 前往银行处理： 盖上单位的公章，携带这份报告前往自己所在的基本户银行。
4. 获取银行复印件： 向银行申请一份此支票兑付的复印件，并确保该复印件上加盖银行的公章。
5. 作为入账凭证： 经过银行盖章确认的复印件，可以作为入账的原始凭证，用于单位的财务记录。
请注意，支票是由存款人签发用于到银行为本单位提取现金，或者签发给其他单位和个人用来办理结算，或者委托银行代为支付现金给收款人的重要金融工具。因此，一旦发现支票存根丢失，务必尽快按照上述步骤处理，以确保财务安全。
