在《机动战士高达NT》中，乔纳·巴修塔最终在U.C.0097年的氦 - 3储藏基地最终战中牺牲。
乔纳·巴修塔是NT高达的驾驶员，他参与“狩猎不死鸟”作战有着强烈的个人情感因素，其目的是搜索下落不明的青梅竹马丽塔·贝尔纳尔。丽塔在故事中有着特殊的身份，她与神秘的“独角兽高达3号机 菲尼克斯”产生了某种联系，而“狩猎不死鸟”作战正是围绕这架机体展开的。各方势力都想要得到菲尼克斯，乔纳所在的阵营也卷入其中，他驾驶NT高达踏上了这场充满危险与未知的征程。
在作战过程中，乔纳遭遇了诸多强大的敌人和艰难的挑战。随着剧情推进，来到了U.C.0097年的氦 - 3储藏基地最终战。在这场激烈的战斗中，他面对的是NZ - 999Ⅱ新吉翁号二号机。新吉翁号二号机拥有强大的火力和性能，给乔纳驾驶的NARRATIVE高达带来了巨大的压力。尽管乔纳凭借着自己出色的驾驶技术和NT能力奋力抵抗，但最终还是不敌对手。NARRATIVE高达被NZ - 999Ⅱ新吉翁号二号机摧毁，乔纳也在这场战斗中失去了生命。他的牺牲不仅是个人的悲剧，也在一定程度上影响了整个作战的走向和故事的结局，他的英勇和执着也给观众留下了深刻的印象。
