实质审查与形式审查在定义、审查内容、深度、目的、时序及法律效力、应用场景等方面存在显著差异，具体如下：
实质审查是对申请人提交材料的内在质量与实质内容进行深入核查，重点验证其真实性、合法性及是否符合相关规定。例如，在专利申请中需评估技术方案的创新性；在商标注册中需审查商标图样的合法性及显著性。形式审查则是对材料的表面形式与程序性要求进行核查，主要关注材料是否完整、格式是否合规、信息是否准确等程序性内容。例如，检查申请书页码是否连续、附图是否清晰、申请费是否缴纳等。
实质审查聚焦材料的核心内容。以专利申请为例，需对技术方案的新颖性、创造性和实用性进行技术评估，并检索全球专利文献与非专利文献以验证创新程度；商标注册中则需审查商标是否与在先权利冲突。形式审查关注材料的形式要件。专利申请中需检查申请书、说明书、权利要求书等文件的完整性及格式合规性；商标注册中需核对申请人姓名、地址等信息的准确性及申请材料的完整性。
实质审查要求深入核查，涉及技术评估、文献检索及法律合规性分析。例如，专利审查员需通过全球检索验证技术方案的创新性。形式审查仅进行表面性、程序性核查，无需技术检索或实质内容分析，仅确认材料是否符合法定形式要求。
实质审查旨在确保材料的真实性、合法性及符合性。专利申请中需评估发明是否符合专利法授予条件；商标注册中需确保商标合法有效。形式审查旨在确保材料符合基本程序要求，如专利申请文件格式合规、商标注册申请程序完整。
在专利申请中，形式审查为初步阶段（受理后2个月内），未通过则直接驳回申请；通过后进入实质审查阶段（需另提请求，通常在申请日起3年内）。实质审查未通过时，申请人可通过修改权利要求获得授权。
不同国家或专利类型对审查方式的选择存在差异。例如，中国对实用新型和外观设计专利仅进行形式审查，发明专利则必须通过实质审查；美国对Utility Patent（实用专利）实行实质审查，而Provisional Patent（临时专利）仅备案不审查。
