在明朝宪宗年间，朝廷内部宦官专权，滥杀无辜，侠义之士赵淮安（由李连杰饰演）在营救忠良的行动中，成功将恶名昭彰的东厂提督曹少钦一剑致命，此举引发了西厂督主雨化田（陈坤饰）的怒火，他发布了天下格杀令。赵淮安一行人在逃亡中抵达嘉峪关的龙门，却被黑沙暴吞没，消失无踪。龙门客栈，这个三年前曾遭大火洗劫的地方，如今老板娘金镶玉神秘失踪，仅剩的伙计们坚守着旧址，期盼着她的回归。这个曾经被遗忘的边关驿站，因一场意外的风云际会，再次变得波涛汹涌。一个名叫胡中玉的神秘剑客，他的容貌为何与雨化田惊人地相似，引发了众人的猜测。与此同时，对客栈密道熟悉的吹笛女子凌雁秋（周迅饰），她的身份是否就是消失的金镶玉，成为了另一个悬疑点。正当西厂追兵在雨化田的带领下逼近客栈时，大漠之中突起龙卷风，赵淮安如飞燕般冲出，决心与雨化田进行一场生死对决。大漠风沙中，一场决定正邪命运的决战，即将在这天地变色的风暴中展开，一场惊心动魄的较量即将上演。
