琅琊榜第二部故事梗概如下：
故事背景：琅琊榜2的故事发生在靖王之子、大梁新帝登基十余年之后，此时靖王和梅长苏均已仙逝。大梁朝局看似安稳，但边境战火不断，前朝后宫的权利角逐也从未停歇。
长林军与北境战事：守护大梁北境的长林军屡获军功，威名赫赫。然而，在一次北境交战中，内阁首辅荀白水暗中断掉前线补给，导致长林军副帅萧平章身受重伤。萧平章的弟弟萧平旌，在琅琊阁学艺，闻讯后下山查案。
邻国复仇与内乱：十年前，邻国夜秦遭遇疫情，大梁为自保封国道。濮阳缨因灭国之仇潜伏在大梁，并勾结琅琊榜第一高手、东海国主墨淄侯，暗中瓦解梁帝势力与长林府。他们在京城四处投毒，导致疫情迅速蔓延。濮阳缨还设局使萧平旌与萧平章先后中毒。此时北境急危，萧平章放弃救治，奔赴前线支援，最终毒发而亡。
梁帝驾崩与勤王之战：一年后，梁帝驾崩，大渝趁机进犯大梁。荀白水与莱阳王萧元启诱哄年幼的梁帝颁旨，禁止边境兴兵。萧平旌抗旨出征，成功击溃大渝，但长林编制也因此被废除。随后，萧元启与墨淄侯暗中勾结，卖国谋逆。萧平旌在危急之中起兵勤王，奔赴沙场营救梁帝。
