6省15地疫情再现且一地感染者超800例，问题主要出在疫情初期源头不清底数不明、病毒隐匿传播、常态化核酸作用有限且难以全面覆盖、奥密克戎传播特性以及防控经验难以直接移植等方面。具体如下：
以安徽宿州泗县为例，作为本轮疫情焦点，泗县疫情初期源头不清、底数不明。6月26日起开始出现新冠无症状感染者，随后几日新增数量快速上升，30日起开始报告确诊病例，无症状感染者日增一度到达三位数，且感染者绝大多数在泗县。由于初期情况不明，给疫情防控带来极大困难，导致疫情迅速扩散，三天内感染者就超过了800例，并很快蔓延到江苏、浙江，长三角的三省12市均发现了阳性感染者。
本次疫情中的病毒传染性强、隐匿性强。大部分疫情中的首例病例都是通过主动就诊或者重点人群检出，而非在常态化核酸中检出。例如无锡，作为从今年4月就开始实施常态化核酸的最早一批城市，几乎是常态化核酸进行得最好的城市之一，但依然出现了疫情，且截至7月3日1时本轮疫情累计发现103名阳性感染者。这说明病毒能够在人们尚未察觉的情况下快速传播，增加了疫情防控的难度。
作用有限：社交媒体上部分讨论将疫情再起原因指向常态化核酸的弱化与取消，但从实际情况看，常态化核酸对于突发的疫情防控所起作用有限。南开大学统计与数据科学学院教授黄森忠提到，常态化核酸是大海捞针，想用它在普通人群中进行监测很难。无锡取消区域性全员核酸后出现疫情，本身就说明常态化核酸不能完全阻止疫情突发。
难以全面覆盖：像泗县这种农村地区，可能本来就很难做到严格的常态化核酸。考虑到农村大量的外来务工人口和薄弱的核酸检测力量，要进行分层分级个性化的防控方案难度极大。一位流行病学家表示，没有常态化核酸可能难以早期发现疫情，但农村地区的现实情况使得常态化核酸难以有效实施。
从本次疫情来看，奥密克戎的攻击不分地域、经济。发达城市的核酸系统在面对病毒传播时更像是一种“陪跑”。以往大城市作为保护方和支持方存在，有雄厚的常态化核酸检测能力，希望能尽早筛查出感染者并护卫边缘县镇。但此次泗县疫情导致长三角多地接连中招，病毒一路从长三角末梢伴随着经济活动逐步深入至腹地，说明仅靠一二线城市做常态化核酸很难卓有成效，需要“全国一盘棋”，但从能力上来说不可实现。
京沪付出了沉重代价所获得的防控经验，事实上无法直接移植到其他地区。不同地区的经济、人口、医疗资源等情况存在差异，在保证经济正常运转和疫情防控之间需要把握平衡，这是一个两难问题。而且随着传染力更强的奥密克戎新变种在全球的蔓延，疫情防控的难度将越来越大。例如泗县所在的宿州市是安徽省东北门户，与江苏徐州、宿迁接壤，交通便捷，其疫情扩散情况与当地的地域特点和人口流动情况密切相关，与其他地区的防控情况有所不同。
