小说的结局是沈雨，夏木，胡山泉都死掉了。但最后冷小兵做了假证，把夏木塑造成英勇牺牲的警察形象，沈雨和胡山泉同归于尽了。事实就是夏木死于胡山泉，冷小兵受不了刺激杀了胡山泉，胡山泉勒死了沈雨。最后活着的冷小兵清理现场作假了。
有意思的是，当一切都结束之后，冷小兵收到一封邮件，记录了当时发生的一切和他做假证的全过程。
《谁是凶手》十个和剧版不一样的细节：
第一，夏木和夏金兰的关系，是母子。这显然比夏金兰作为一个老师去收养学生夏木更有说服力。
第二，胡山泉曾经治好了一个精神有问题的女孩。但这个女孩正常后，却不被家人和社会所接纳，最终跳楼轻生。
第三，刀刀曾因为严重车祸，导致下体瘫痪，失去了男性能力。正想轻生之际，沈雨救下了他，于是两人成为了无话不谈的好朋友。
后来胡刀刀查到沈海洋可能是连环杀人案凶手，正想把这条线索告诉沈雨或者警察时，却被右手有伤疤的神秘人除掉。
第四，胡山泉为了让自己更像沈海洋，故意把自己的手腕烫伤。和沈海洋手上的伤疤几乎一模一样。
第五，冷小兵对于沈雨，一直持以同情的态度，认为她也是一个父亲失踪的可怜人。而不是剧版的对沈雨无限猜疑。
第六，夏木能去警队，并非是因为优秀毕业生的人设，而是他威胁了冷小兵。因为他当年亲眼目睹了冷小兵没有开枪击毙凶手的事实。
第七，是夏木自己打死了盗猎者，而不是他的姥爷。
第八，黄院长是一个看仓库的快退休的员工老黄。他告诉冷小兵精神病院曾经丢过肌松类和麻醉类药物。
而沈海洋曾经出过一起医疗事故，让一位病人在手术中活活疼死，死状犹如谋杀案现场，死者面带微笑。
第九，宁丽的死亡确实是沈雨所为。
第十，沈雨曾经作为法医到刑警队短暂实习，并从档案室拍到了海舟案的全部卷宗。
