《深宫谍影》存在两个不同版本的结局：
版本一结局：以丹格格在康熙年间与康熙一夜缠绵后诞下龙凤胎，不久后葬身火海。多年后，其女儿涵香入宫追查生母死亡真相。雪雁之死成为关键线索，涵香发现以丹父母案发当晚备足柴火，最终锁定真凶为烈亲王塔尔。塔尔因对以丹爱而不得，心生怨恨将其杀害并焚尸灭迹。塔尔在狱中写下血书后自尽。康熙认回涵香，赐其公主身份。涵香从孤女蜕变为公主，与青梅竹马的格泰冲破伦理枷锁（二人原被误认为兄妹，实则无血缘关系），最终携手远离宫廷纷争，开启新生活。
版本二结局：涵香坚持追查生母以丹格格之死的真相，在格泰暗中协助下，找到当年负责安葬以丹的老宫女。老宫女揭露凶手是因嫉妒而心怀怨恨的佟司库。佟司库企图挟持涵香反扑，格泰及时赶到救下涵香，佟司库最终被侍卫擒获。康熙得知真相后震怒，将佟司库打入天牢。康熙尊重涵香意愿，允许她保留“绣娘涵香”的身份。格泰为守护涵香，主动请辞爵位，康熙应允。结局中，涵香告别深宫，与格泰一同离开京城，前往江南水乡开启新生活。
两个版本的核心差异在于真凶身份与结局走向：版本一将凶手指向烈亲王塔尔，结局侧重权力斗争与身份反转；版本二则锁定佟司库为凶手，结局更强调情感守护与自由选择。两种结局均以涵香与格泰的远走高飞为收尾，但背景与动机截然不同，体现了创作团队对故事主题的不同诠释。
