最终，阿尔成功炼成了贤者之石，而爱德华在地下城与ENVI的决战中牺牲。ENVI为了寻找光之霍恩海姆来到了人类世界，阿尔用自己的生命复活了爱德华。爱德华复活后，用自己作为代价再次复活了阿尔。爱德华通过真实之门返回了人类世界，而阿尔则留在了他们自己的世界，一只手臂和一条腿依旧被机械所替代。他们与霍恩海姆共同生活，阿尔失去了与哥哥四年的冒险记忆，但仍相信着有一天能与哥哥重逢。在剧场版中，爱德华在另一边的人类世界与父亲生活，而阿尔则留在他们的世界。爱德华失去了炼成母亲之后的记忆，但他不放弃寻找哥哥的道路。最终，人类世界的人发现了爱德华他们的世界，并称其为香巴拉。为了防止香巴拉世界的人入侵，人类世界的人开始准备入侵香巴拉，并制造火箭寻找基拉化的大龙。爱德华的父亲为了使两个儿子相见，也参与了人类世界的研究。他成功开启了通往香巴拉的大门并牺牲了自己，爱德华在朋友的帮助下回到了自己的世界。一回来就看到了温莉，温莉迅速为他装上了最新的机械铠，随后见到了弟弟。为了保护自己的世界不受人类世界的侵犯，他们展开了激烈的战斗，最终解决了头目。尽管兄弟终于相见，但爱德华决定回到人类世界，在那里毁掉通往香巴拉的门，让弟弟留在香巴拉世界。在剧场版的结局中，爱德华回到了人类世界，一个再也见不到弟弟，也无法使用炼金术的世界。他毁掉了门，以为再也见不到弟弟的他发现角落里一副不起眼的盔甲在动。不一会，弟弟就跳了出来。原来，爱德华走后，大佐让阿尔跟去，他来毁掉门。这个结局让观众感到十分伤感。
