在中世纪欧洲，有一批基督教僧侣经常被人们称为“经院哲学家”，这与阿拉伯科学家对亚里士多德的过分推崇不无关系，因为他们把亚里士多德的思想看成是自然界所有知识的基础。用阿维罗伊的话来说，亚里士多德“掌握了全部真理——所谓全部，我指的是人性，正是人所能把握的内容”。正是这一思想，长期以来被中世纪欧洲修道院和学术机构中的学者所认同和赞赏。在中世纪，不只是亚里士多德和托勒密的著作被教条式地奉为圣贤之言，其他杰出的希腊思想家也有同等待遇。在生命科学领域，盖伦（Galen，约130—200）的医学著作和第奥斯科理德（Dioscorides，活动于约50年左右）与普林尼（Pliny，23—79）的著作，都成了标准、教条、受尊重的参考书。毫无疑问，盖伦是继希波克拉底（Hippoerates，约公元前460—前377）之后最著名的希腊医生，公认的西方医学的奠基人。盖伦虽然是希腊人，不过却在奥勒留（Marcus Aurelius，121—180）及其继承者统治下的罗马行医。罗马当局仅允许他对动物作解剖，但是他却通过动物解剖来广泛研究人体解剖学。他首次鉴别了许多肌肉，并且是最早证明脊髓重要性的人之一。盖伦大部分的著作得到了保存，尽管也有错误，就像亚里士多德那样，不过对于那些试图重新点燃西欧知识之火炬的人们来说，他是一位备受尊重且当之无愧的权威人物。第奥斯科理德是盖伦之前的希腊医生，他写下了第一部药典（有用药物及其制备目录）《药物学》（Demateria medica），这部书一直保存到中世纪。普林尼编纂了37卷目录，有关自然界和动物界的趣闻逸事，取名为《自然史》（Historia naturalis）。这部书今天叫做普林尼的《自然史》（NatureHistory），书中包括许多有用的描述，也有许多荒谬的过于简化的错误。就像亚里士多德、第奥斯科理德与盖伦的著作一样，它也在中世纪经院时代被奉为权威性的金科玉律——古代无可怀疑的智慧。只回顾中世纪后期经院学派所做的（或者未做的）大量思考，人们未免会有失望之感。大量的内容相当愚蠢，甚至在当时的某些批评家看来也是荒谬不堪。许多时间都消耗在仔细阅读和解释古希腊的文本上，而不是直接从自然界得到答案。例如，有一位批评家抱怨说，他的同事们花了好几天的时间争论马有几颗牙齿，逐个查寻古代文献，其实他们只要走出去，撬开马的嘴巴看看就行了。当然，从6世纪希腊-罗马时代的结束到10—15世纪的经院哲学时代之间，自然哲学的原创性思想几乎完全没有。在此期间，基督教会占据支配地位，它与我们现在叫做科学的东西格格不入，人们一心关注的只是以最佳方式去研究所谓“上帝”的世界。我们必须记住，大多数经院哲学家只不过是这样的学者，他们认为自己的工作就是理解古人留下的信件，并且使得这些伟大作品中的古人思想流芳百世。由于欧洲各国教会大学和官方教义控制着大多数教学和学术思想，那些从事其他职业的人——天文学家、医生等，很难摆脱古代信念对他们的束缚，尤其是如此之多的信念还与强有力的官方教会广泛联合。到了13世纪中叶，亚里士多德的思想在教会大学里已牢固确立自己的地位，然而，阿奎那（Thomas Aquinas，约1225—1274）却为亚里士多德与官方教义的分歧而感到不安，他尝试把两者揉入一个综合体系里。经过艰巨的工作以及对亚里士多德文献的编辑整理，阿奎那给出了一个解决方案。尽管这一学说令更为纯正的亚里士多德学者感到不安，但它却满足了教会的要求，因而成为官方教义。例如，按阿奎那的解释，亚里士多德的“原始推动者”可以看成是“上帝”。天空是完美而和谐的，天球的运动可以看成是按照天使的意愿完成的。对于许多基督教徒来说，到了中世纪，地球又一次不再看成是球形，而是平面的，它的创造过程被想象成和圣经上描述的完全一样。有一些思想家——诸如培根（Roger Bacon，1214—1294）、布里丹（Jean Buridan，约1295—1358）、奥卡姆（Ockham）的威廉（William，约1285—1349）、库撒（Cusa）的尼古拉斯（Nicolas，1401—1464）以及其他人，读者可以在本书的后面部分陆续见到他们——反对和质疑古希腊人的至高权威。但是对于中世纪的大多数思想家来说，他们发现仅仅相信已有的东西，反倒让人心安理得。对于那个时期的思想家，能够拜倒在希腊巨人的足下就已经足够了。然而对于后人来说，只有攀登，而不是站在前人的肩上，才能更清楚地看清这个世界。
