1、意思上的区别
商榷：是商讨、讨论、协商的意思。
磋商：谈判双方对报价和交易条件进行反复协商，或是做出必要的让步，或是得到一定的利益的过程。
协商：共同商量以便取得一致意见。
2、用法上的区别
协商一般多用于政治场合。政治领域，协商则是一种重要的民主形式。从日常社会生活中的管理和决策，到一年一度的全国两会，这一民主形式运用广泛而普遍。
商榷多用于比较正式的函件。比如一些学术讨论的文本，经常出现商榷的字眼。
磋商这是由于一方没有很好地理解对方的要求而产生的; 或者由于不愿接受对方陈述是否准确地反映他们要求的情况而产生的。
3、语境上的区别
协商的用法示例
（1）经过多日的协商，双方终于达成了一项协议。
（2）邻国之间历史遗留下来的边界争端，应协商解决，不应诉诸武力。
商榷的用法示例
（1）浏览即违法，实则不教而诛，值得商榷。
（2） 结婚我还没做好准备，谈恋爱倒是可以商榷一下。
磋商的用法示例
（1）这几天，爸爸正与港商磋商合资办厂的事。
（2）经过反复磋商，双方终于达成了协议。
参考资料来源：百度百科-协商
百度百科-商榷
百度百科-磋商
