王武龙在任南京市市长期间，当地百姓对他在城市建设方面的做法评价不高。其中由他主张建设的、事后被证明破坏主干道容貌、浪费大量财力的南京鼓楼隧道被百姓戏称“武龙洞”。另外，他曾要求相关部门砍伐南京市主干道的行道树，目的是让城市更加明亮，遭到媒体和百姓反对，又被戏称为“砍树市长”。
2006年7月13日，因涉嫌贪污腐败问题，被中纪委传唤谈话，从此在公众场合失踪。在此之前，他任南京市市长期间的两任秘书魏竹琴、傅成均已被双规。中国全国人大常委会2006年10月31日发布公告，宣布王武龙的全国人大代表资格被依法终止。2006年12月6日，中央纪委公布了王武龙的严重违纪违法案件。有关新闻中称其索贿受贿数百万元，已被开除党籍和公职。涉嫌犯罪问题已移送司法机关处理。
