1. 731遗址未挖掘的原因之一是地下结构复杂。据731遗址馆长介绍，遗址区曾多次发现地道口，至少有4个地道口被发现。但这些地道深处的具体情况无人知晓，因为无人敢深入探索。雨季时，地道中有水流进入，暗示着地下可能存在空腔。这一现象增加了挖掘的难度和风险。2. 731遗址地下规模宏大是未挖掘的第二个原因。当地居民回忆，他们小时候曾探索过一个地道口，发现地道内四壁用水泥建造，且有一个连接更广阔平台的地道口。由于地道一个接一个，如同串珠般，这使得整个地下结构显得非常庞大而神秘。3. 地下存在不明结构是未挖掘的第三个原因。731遗址馆长指出，在东北轻合金厂家属楼建设时，一侧地基顺利施工，而另一侧则遇到了难以打穿的地下结构。此外，2000年遗址探测时，发现地下存在未知的结构，但由于未进行全面挖掘，这些结构的真正性质仍然是个谜。4. 资金缺乏是731遗址未挖掘的第四个原因。虽然黑龙江专家鉴定会建议建立保护棚，并以考古方式全面挖掘遗址，但馆长表示，陈列馆自身无力承担这样的挖掘工作。每年30万的财政拨款仅能维持人员开支，远远不足以支持全面的考古挖掘工作。因此，资金问题成为揭开731遗址神秘面纱的一大障碍。
