土匪传奇的剧情错综复杂，每一集都充满了悬念和冲突。在第一集中，飞贼叶光明与他的伙伴们计划刺杀军阀袁大帅，却因意外救了他，被封为水县县长，然而警察局长蔡万暗中策划杀害他们，丐帮帮主介入才让阴谋失败，案件的进展牵扯出人头案和神秘妖精。
在第二集，老叶等人在水县上任，面临蔡万的步步紧逼和黑手。他们调查案件，发现死尸线索指向三清观，还牵涉到洋人和土匪的复杂关系。第三集，诸葛不亮的昏迷与河南水灾捐款名册的丢失相交织，老叶面临更大的挑战。
第四集，捐款名册的消失是蔡万的诡计，老叶利用最后三天的县长身份寻找解救诸葛不亮的方法，得知妖精阿长的真实身份。第五集，老叶在巨蟒山救诸葛不亮的同时，揭露了乖乖和阿长的关联，而阿荣和陶逊的恩怨也逐渐明朗化。
第六集，陶逊的复仇和盗窃案交织，老叶与阿荣的调查行动引出更多谜团。第七集，陶逊加入阿荣的行动，偷盗比赛成为搞笑又紧张的情节。第八集，老叶面临公章被盗的危机，阿荣与蔡万的斗争愈发激烈。
随着故事深入，水县的犯罪事件不断升级，包括妇女被强奸、魏宗的悲剧、宋家的神秘死亡和古宅的闹鬼等。老叶和朋友们在一次次危机中揭开真相，也揭示了更深层次的阴谋和背叛。
在大结局中，老叶和他的朋友们联手对抗蔡万和小犬的阴谋，最终正义战胜了邪恶。然而，老叶的命运和朋友们的后续故事仍然令人期待。
军阀混战的年代，水县饱受蹂躏的百姓平添出乱世里诸多无法申诉的奇冤。民众商议要除掉军阀袁大空，市井奇人叶光明等人却在刺杀行动中阴差阳错地救了袁大空，袁大空为报救命之恩，让叶光明到水县担任县长一职。原本并无替百姓申张正义念头的知县叶光明，却出于最朴素仗义情怀，在与鱼肉百姓的水县警察局长蔡万等各方恶势力斗智斗勇的过程中，奇计百出，笑料也百出，频频侦破奇案，保全了小城一方平安。
