空岛，曾是大航海时代的璀璨明珠，但随着历史的流转，逐渐沉寂在人们的记忆之外，这里宁静而安逸，人们享受着和平与简朴的生活。然而，一个名为黑胡子迪奇的不速之客，以“促进贸易”为名，时常侵犯岛民的安宁，通过强制性的不平等交易，给空岛的生活带来了困扰。在空岛的一个树屋里，生活着一个名叫哈宝的少年，他的世界充满了神秘色彩。他珍藏着一本船长日记，尽管他并不识字，但日记中的内容对他来说充满吸引力。他的童年记忆与幻想交织，使他坚信自己是伟大冒险王巴沙洛缪的儿子，这个梦想驱使他追求成为一名探险家，去寻找失落的父亲。在追寻梦想的旅程中，哈宝结识了一群伙伴：憨厚的渔村小孩喜八、博学的村长孙子扣子、直率的小机械师米露以及幽默风趣的大副汉堡。他们一同经历了巴别湖的探索、空岛遗迹的揭秘、魔法森林的冒险、冰川的危机以及水泽国的奇遇，每一次冒险都让船长日记的谜团逐渐揭开。然而，海盗黑胡子迪奇和基德等人也被船长日志的传说所吸引，他们渴望通过它找到传说中的冒险王宝藏，以此获取征服世界的强大力量。哈宝和他的伙伴们不仅要面对未知的危险，还要保护这份可能改变命运的日记，坚守空岛的平静与自由。
