《使徒行者》三部结局均为全员BE（Bad Ending），以下是具体结局情况：
在《使徒行者》第一部中，主要角色经历了诸多悲剧。卓sir作为核心人物，失去了好友康sir和师父郭sir，这两位重要人物的离去对他的打击巨大，不仅在情感上让他陷入悲痛，也在剧情推进中让他失去了重要的支持与指引。Kobe这一角色，原本就身患绝症，最终因绝症离世，他的死亡让观众为他的命运感到惋惜。阿钉被黑社会带走，这一情节充满了紧张与无奈，爆seed虽拼尽全力去营救，最终虽然成功救出爆seed自己，但却找不到阿钉，阿钉的生死未卜，给剧情留下了深深的遗憾。这些角色的悲惨结局，构成了第一部全员BE的结局。
第二部作为前传，同样有着悲剧色彩。卓sir的红颜知己最终死亡，这一情节进一步丰富了卓sir的人物形象，也让他在情感上遭受重创。红颜知己的离去，使得卓sir在情感世界中更加孤独，也为整个故事增添了一抹悲伤的色彩。
第三部中，悲剧依旧延续。卓sir与阿晴结婚后，本以为能迎来幸福的生活，然而阿晴却因病去世，这对他来说无疑是沉重的打击。佘诗曼未出演第三部，结合剧情暗示阿钉已遇害，爆seed因此单身，爆seed失去了心爱的人，只能独自面对生活。此外，剧中演员曾伟权因癌症去世，其饰演的角色任尚宇也因心脏病离世，这一现实与剧情的双重悲剧，让第三部的结局更加令人唏嘘。
