流传的故事中，《南山南》背后是一个令人唏嘘的爱情悲剧。
故事里，男孩在北京，女孩在深圳，两人在旅行中相识相爱，虽相隔万里却彼此眷恋。但男孩因家族命运困扰，爷爷三十岁、父亲二十九岁去世，他自己也出现脱发和呼吸困难等类似状况，被告知可能活不过三十岁。深知无法给女孩一辈子幸福和照顾，男孩痛苦不舍地在北海向女孩提出分手，并谎称自己喜欢上了别人。女孩听闻后心灰意冷，曾不知去向，后来才知道她独自去爬山了。男孩珍视这段感情，只能将其深埋心底，在北方寒夜怀念南方女孩；而女孩一直以为被男孩抛弃，对感情彻底失望。歌词“南山南，北秋悲，南山有谷堆，南风喃，北海北，北海有墓碑”寓意深刻，“北秋悲”对应分手的北京秋天，满是悲伤；女孩家乡在南山之南，有谷堆；“北海有墓碑”代表他们的爱情死在了北海。不过，歌曲作者马頔表示，听众的感受和理解才最重要，每个人都可对这首歌有自己的解读，或许这个故事只是其中一种。
