《朕本红妆》的结局是萧焰没死，秦惊羽和萧焰幸福地在一起了，番外中他们育有一个儿子。具体情节如下：
萧焰的“复活”：萧焰原本被误以为已死，实则处于假死状态。其师父长年云游，得知他的“死讯”后前来查看，发现寒玉棺可保肉身不腐，而萧焰昔日泡过的暖玉神泉、服下的茯苓首乌丸、身上洒的神族符水，以及不醉翁的药酒，都在他自身修炼的龟息神功下发挥作用。此外，墓地所在之处因神泉渗入地下成为休养生息的宝地，再加上师父带来的一颗金丹，最终让他起死回生，且身体状况大为改善。
秦惊羽的情感转变：秦惊羽（燕三儿）曾因误会和失忆对萧焰心生怨恨，甚至决定与雷牧歌成婚。但在成婚当天，风如岳挟持人质，萧焰挺身而出自愿替下秦毅成为人质，并在关键时刻试图刺杀风如岳，虽被重伤但展现了深情。秦惊羽在萧焰“死”前原谅了他，并在他“死后”将其葬在密云岛暖玉神泉的山上，这是他们曾共度快乐时光的地方。
萧焰的真正回归：萧焰在“死后”一年，其师父通过金丹和暖玉神泉的灵气将他救活。秦惊羽四年后重返密云岛，遇到了仙风道骨的老人（萧焰的师父），最终与复活归来的萧焰深情相拥，两人重归于好。
番外情节：
萧焰和秦惊羽育有一个儿子，秦惊羽意外遇见冥王，冥王帮她实现了与萧焰互换身体的愿望。
在互换身体期间，萧焰（用秦惊羽的身体）打了雷牧歌、回绝了玉面狐狸（后来是黑龙帮的帮主）和狼小子，还在秦惊羽分娩时换回身体，避免了尴尬。
番外还以萧焰的角度叙述了他从混进皇宫到爱上秦惊羽的过程，增添了故事的趣味性。
