萌学园的结局是：萌学园再次获得和平，五星与奈亚公主合力，再度打败暗黑大帝，萌学园举行复学典礼。在萌学园的故事中，帕主任和大甜甜老师变身成焰王和谜亚星，成功让雷普抓住他们，以迷惑暗黑大帝。然而，暗黑大帝误以为萌学园只有两位萌骑士，于是下令占领萌学园。雷普和暗黑武士在执行任务时，不慎中了萌骑士的陷阱。潼恩成功逃出地下水道，而帕主任和大甜甜老师则决定破坏复活石和诅咒石，以防止暗黑大帝的进一步行动。然而，暗黑大帝附身暗黑武士，攻击了潼恩，雷普出手阻止，却因此受到重伤。此时，萌骑士五星与重新成为奈亚公主的帝蒂娜合力，与暗黑大帝展开了一场激烈的战斗。帝蒂娜强行传输到萌学园，并带回了索雷伊圣剑，五星与奈亚公主合力，终于再度打败了暗黑大帝。在战斗结束后，帝蒂娜用她的力量治愈了欧趴使用魔法时的不适，欧趴也治愈了受伤的雷普。尽管诺贝尔和帝蒂娜之间发生了一些争吵，让谜亚星陷入了困境，但这并没有影响到萌学园的和平与复学。长老会也愿意再给雷普一次改过自新的机会，第二天，萌学园举行了复学典礼，标志着萌学园再次获得了和平。这个结局充满了希望与重生，展现了勇气、智慧与团结的力量，为整个故事画上了完美的句号。
