1、第001话 云霄飞车杀人事件
高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。
某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。
2、第135话 黑暗组织十亿元抢劫事件
某天，柯南发现有人正在抢劫运钞车，虽然奋力追赶，但还是让抢匪驱车逃跑，之后，警方发现抢匪的车并认定这是一起单纯地抢劫事件。
可事情并未就此结束，参与抢劫的两名抢匪被杀，并在凶案现场发现了银行职员广田亚美的口红，虽然亚美嫌疑最大但案件还有许多疑点，这时，柯南意识到她有危险，用发信器追踪到达后亚美已死，而这件事的幕后黑手居然是琴酒。
3、第190话 与黑暗组织再次重逢(灰原篇)
在放学回家的路上，柯南和灰原发现了黑衣组织中金恩（琴酒）的车子，柯南在车上装了发信器和窃听器进行跟踪，但被金恩发现，他也因此察觉到灰原的存在。
柯南和灰原根据窃听器听到的地址，来到金恩和匹斯可等人要进行杀人计划的杯户饭店，这里正举行电影导演的追悼会，在放映幻灯片期间，政客吞口重彦被杀。
4、第191话 与黑暗组织再次重逢(柯南篇)
在吞口重彦被杀的瞬间柯南捡到了一条紫色的手帕，之后又发现了一个破碎的美术灯吊环，根据这两条线索柯南展开了调查，可没想到调查期间灰原却被不明人士带走。
柯南以眼镜为媒介联系到灰原，得知她被关在了饭店内的一个酒窖里，柯南让灰原喝下老白干，这时，在饭店外面的柯南却看到了金恩，而在酒窖的灰原身体也正在发生变化。
5、第192话 与黑暗组织再次重逢(解决篇)
金恩离开酒窖后，躲在烟囱中的灰原则依靠她变大的身体，爬到屋顶，然而刚给博士报完平安，她的身后就响起了枪声，原来在酒窖里的时候金恩就发现了她。
而另一边，柯南也得知了杀害吞口重彦的凶手，也就是代号匹斯可的真实身份，在调查清楚灰原所在的位置后，柯南飞速赶到，就在金恩准备射杀灰原时，柯南向金恩发射了一枚麻醉针，灰原趁机从烟囱返回酒窖，岂料待她苏醒过来匹斯可已出现在她的面前。
